次辞官是在公元1891年5月5日，光绪十七年三月二十七日。从他光绪十年（1884年）抵台督办军务始，至光绪十七年（1891年）被革职离任，前后六年多时间，这是他一生中最重要，也是最辉煌的六年。这六年里，他抗法保台，在台湾全面推行自强新政，开启了台湾的近代化进程。他原计划用十年时间来实现他的宏伟蓝图，可是不到六年，他便不得不辞官离开这块他曾寄以希望、付出极大心血的土地。
刘铭传一生多次撂挑子，史料称他“凡五进，而辞退十有八焉”。这其中大多是托病泄愤，以此表达心中的不满。而这最后一次辞官，却是真正伤了他的心。
刘铭传是合肥西乡刘老圩人，办团练起家，后加入淮军。他家境贫寒，兄弟六人，其排行老六，小时因出天花，脸上留下麻点，故有“六麻子”的绰号。这个绰号听上去很不雅观，但刘铭传并不忌讳。民间相传，有一天，他的夫人陈氏正在作画，刘铭传在一边看得高兴，便提笔助兴，在上面画了一些梅花，并随手题下一首诗。诗云：
圈圈点点又叉叉，
顷刻开成一树花。
若问此花何人画，
大潜山下刘六麻。
俗话说得好，人如其名。刘六麻子生性粗犷，桀骜不驯。年轻时贩过私盐，十八岁时就杀过人。从一些记载看，他长相短小精悍，面色刚毅，声若洪钟。与人相处，从不迁就，稍有不合，便拂袖而去，每逢争执，更是面红耳赤，毫不相让。即便在高官权贵面前，也不失本色，依然故我。李鸿章是他的老上司，对他恩重如山，但他从不巴结，遇到不如意的事，一言不合，照样顶撞。有一次，李鸿章做寿，别人纷纷送上重礼，唯恐落在他人之后，只有刘六麻子按合肥乡俗送上两斤寿面、两条方片糕，并附诗一首：
时人个个好呵泡，
鸡鱼肉蛋整担挑。
惟有省三情太薄，
二斤挂面两条糕。
李鸿章看了，不以为忤，反倒深爱其才，对他多方呵护和提携。据说，曾国藩的率领下早早来到大帐恭候。可是，左等右等，过了半天，领导始终没露面。在场的人，包括李鸿章在内，都静候于客厅，默默等待。这是官场的规矩，可刘六麻子却耐不住性子，心里的火气直往上蹿。最后按捺不住，终于跳起脚来嚷道：“要见就见，不见便罢，再不来老子就走啦!”
此时，曾国藩正在屏风后偷偷观察。事后，他对李鸿章说：“脸上有麻子者，帅才也!”曾国藩没有走眼，刘六麻子后来果然成了淮军的一员猛将。他勇武剽悍，充满血性，所部之铭军，更是淮军之劲旅。
然而，清代重文轻武，提拔封疆大吏，更是讲究功名。可刘铭传不是科班正途出身，只读过几年私塾，尽管靠战功一路升迁，年未三十而提督畿疆，但在“右文左武”、文人治世的环境下，提督虽然也是一品大员，地位却远不如文官，而且武将当到提督也就当到头了，要由武转文，位列封疆，简直难上加难。虽然李鸿章有心提携他，屡次举荐，均未能如愿。为此，刘铭传意见很大，曾做诗发泄心中不满：“盛朝修文不用武”“文章两字误苍生”“官场贱武夫，公事多掣肘”“武夫如犬马，驱使总由人”……如此种种，可见怨气极大。当然，要说刘铭传迟迟得不到提拔，全怪客观因素那也不对，就其自身而言，责任也不小。
刘铭传作战勇猛，且谋勇兼备，这是他的优点；可他桀骜不驯，粗犷率性，又是他的缺点。这种性格很不适宜官场。官场讲究的是“忍”字，凡事不能由着性子，可刘铭传偏偏是火爆性子，受不得半点委屈。遇事稍不如意，说炸就炸，说崩就崩，还动不动就撂挑子。用李鸿章的话说叫“性不耐官”。李鸿章的幕僚吴汝纶也评价他是“淮军杰出人才”，但“龙性难驯”。
事实也确实如此。同治六年（1867年）底，东捻军被镇压下去，刘铭传作为淮军主力，立了大功，可朝廷功大赏轻，只封他一个三等轻车都尉世职(三品)，很多人都替他抱不平，就连曾国藩也认为功赏“相去万倍”。为此，刘铭传极为不满，常在酒后发牢骚。这年冬天，淮军在山东济宁休整，刘铭传便带头撂起挑子，公开上书“乞退”。朝廷令他率部北上，镇压西捻军，他也拒不应命，屡屡以“伤疾并发”为由，请求回乡养病。李鸿章知道他是心气不顺，多次劝他，让他先忍忍，可他就是不听。李鸿章无奈只得答应他的请求，后报经朝廷同意，准其回乡养病。
刘铭传回乡不久，剿捻战局一度陷入被动。由于战事吃紧，朝廷旋即下令取消刘铭传的假期，令其回任。哪知东捻军被平定后，朝廷的封赏依然吝啬，只给了刘铭传一个一等男爵，尽管他立下了赫赫战功。刘铭传气不打一处来，立马上书请求开缺，再次撂起挑子。
不久，天津教案发生。七国军舰云集大沽、烟台一带，扬言要武装报复。鉴于局势危殆，朝廷不得不再次催促刘铭传回任，令其带兵备战。
一年后，天津教案平息，朝廷任命刘铭传督办陕西军务，并授以“专折奏事”特权。这