。所谓“家学”，即大统历，而“拜仇人作父”，则是说他们投靠了汤若望。他还用“反摇尾于贼跖，以吠其生身之祖考”来挖苦讥讽他们。
由于汉官不给力，杨光先颇感失望，但他很快就与回回科官员建立了盟友关系。据清人彭孙贻《客舍偶闻》云，杨光先与吴明炫为同郡人，两人相善。明炫自谓知历，每次交谈，历数汤若望新法之误，杨光先闻之大喜。他正愁找不到懂历法的人为他提供炮弹，现在有了吴明炫这个“知历”之人，自然是求之不得。
吴明炫，又名吴明烜，后者因避康熙名讳而改。有史料把明炫、明烜误认为兄弟二人，实则不确。吴明炫曾任回回科秋官正，康熙历案发生后，他一度重回钦天监任监副。可以肯定的是，在康熙历案中，他是一个举足轻重之人。有人甚至推测，杨光先一系列反对西洋历法的文章，在策划、撰写和润色上可能都与他有过商量，并得到过他的帮助。这种可能并不排除。
在吴明炫的支持下，经过一番精心准备，杨光先终于再次出手，向西教发起了新一轮的攻势。一场惊天大狱从天而降，不仅震惊了全国，而且震惊了整个西方基督教世界。由于此案因历法而起，又被称作康熙历案。
康熙历案，起于康熙三年（1664年）七月，至康熙四年（1665年）三月结案，前后八个月。与以往不同的是，该案一是立案快，二是审判规格高，三是处罚严厉。
康熙三年（1664年）七月二十六日，杨光先具疏题参，状告汤若望等人图谋不轨，传妖书以惑天下，请依律正法。状告当天，堂司官便收下状子。八月初五日，密旨下部，谕礼部、吏部会审。次日，汤若望等传教士便到案受审。从立案过程看，前后不到十天，可见立案之速。
从审判过程看，此案先是礼部、吏部会审，之后刑部再审，再之后三法司复审，最后由亲王、辅政大臣、大学士、六部九卿和八旗都统等组成的御前会议进行终审。审判的程序十分繁复而漫长，而且经历了诉讼上的一切例行手续，并由最高的御前会议裁定。其规格之高，称得上是所谓的“一等大狱”。
从判决结果看，汤若望和七名钦天监官员处凌迟，五人斩首。与此同时，天主教被宣布非法，在京传教士一律充军，各省传教士则押送广州，驱除出境。这个判决可以说极其严厉，对西教堪称是一次毁灭性的打击。
出现这样结果也许让人意外。从顺治十七年（1644年）五月到康熙三年（1664年）七月，前后四年有余，杨光先使出浑身解数，上蹿下跳，试图扳倒汤若望，均告无果，可在康熙三年（1664年）七月，仅用半年时间便达到了目的。其实，说意外也意外，说不意外也不意外。中国是一个官本位社会，尤其是皇权统治时期，君临天下，一言九鼎，任何纷争，包括学术纷争，最终水落石出都取决于高层的态度。杨光先的胜利同样如此。
顺治十八年（1645年），福临病薨，其子玄烨继位，年号康熙。康熙皇帝继位时年仅八岁，由四大辅臣佐政。顺治死后，汤若望顿失奥援，而四大辅臣中保守势力占据上风。其中鳌拜和苏克萨哈都仇视西教，提倡复古。尤其是苏克萨哈，在德国人魏特的笔下，他“是最恶劣种类的基督教仇视者”。此时，恩格德，那个因擅改荣亲王葬期被流放的前礼部尚书也回到京城。朝中形势大变。杨光先也许正是瞅准了这个时机，兴起了大狱。
八月初六日，审判开始。到案的有汤若望、南怀仁、利类思、安文思等传教士和李祖白、潘尽孝、许之渐、许保禄等汉人。李祖白，即前边提到的《天学传概》一书的作者；许之渐，即许青屿，是为《天学传概》作序的翰林御史；而作为太监，许保禄的罪名则是帮助散发《天学传概》一书。杨光先的指控主要集中在三点：一是谋叛本国。在《时宪历》封面上竟书“依西洋新法”，暗窃正朔之权，以尊西洋。二是妖书惑众。声称天主上帝，开辟乾坤，污我国人乃邪教之子孙。三是邪教布党京省。散布圣牌、圣像、十字架，以及教义等宣传品阴谋叛乱，并在澳门等地建立巢穴，“逆形已成，厝火可虑”。审判之初，主要围绕谋反展开，但这些指控，证据并不充分。
此后的审判又进入历法层面。由于天文学是一门专门的学问，不仅杨光先本人一知半解，那些审判官们也全是外行。面对一群外行，再好的争辩也无异于对牛弹琴。于是，传教士们提出你们控告新法虚妄谬误，那么，康熙四年（1665年）1月1 6日，恰逢日食。当时，西法、大统和回回三派都已进行推算，并将结果呈报礼部。谁对谁错，只要拿出来验证一下即可见出分晓。主审官员批准了这一提议。结果在众目睽睽之下，只有新法完全正确，而大统和回回均存误差。这一来，主审官们大为尴尬。此后，传教士们又提出要验证春分时刻，他们再也不敢接受。为此，杨光先辩解说：“日食准否事小，谋夺他国事大。”他还说：“宁可中夏无好历法，不可使中夏有西洋人。”这就偷换了概念，把学术之争引入了政治斗争范畴。接下去，为了保证审判有效地进行，他们开始在汤若望进